1869年6月，明治政府強制實行「版籍奉還」、「廢藩置縣」政策，將日本劃分為3府72縣，建立中央集權式的政治體制。
改革身份制度，廢除傳統時代的「士、農、工、商」身份制度，將過去的公家、大名等貴族改稱為「華族」，武士改為「士族」；為減輕因「版籍奉還」而連帶的財政負擔，逐步廢除封建俸祿；此外亦頒佈武士「廢刀令」，以及建立戶籍制度基礎的「戶籍法」。
司法方面，仿傚西方制度，分別於1882年訂立法式刑法；1898年訂立法、德混合式民法；1899年訂立美式商法。
[編輯] 經濟
引進西方近代工業技術；改革土地制度，廢除原有土地政策，許可土地買賣，實施新的地稅政策；廢除各藩設立的關卡；統一貨幣，並於1882年設立日本銀行（國家的中央銀行）；撤消工商業界的行會制度和壟斷組織，推動工商業的發展。
交通方面，改善各地交通，興築新式鐵路、公路。1872年，第一條鐵路—東京（新橋）至橫濱（櫻木町）間鐵路通車；到了1914年，日本全國鐵路總里程已經超過7,000公里。
[編輯] 軍事
軍事方面，改革軍隊編制，陸軍參考德國訓練，海軍參考英國海軍編制；並於1872年頒佈徵兵令，凡年齡達20歲以上的成年男子一律須服兵役。一般服役3年，及預備役2年，後來一般役及預備役分別增至3年及9年，總計12年。1873年時，作戰部隊動員可達40萬人。此外明治政府亦發展國營軍火工業；到了明治時代中、後期，軍事預算急劇增加，約佔政府經費的30%∼45%。
[編輯] 文化
社會文化方面，提倡學習西方社會文化及習慣，翻譯西方著作。曆制上則停用陰曆，改用太陽曆計日（年號除外）。
教育方面，發展近代義務教育，將全國劃分為8個大學區，各設1所大學，大學區下設32個中學區，各有1間中學，中學區下設210個小學區，每個小學區設8所小學。總計全國有8所公立大學，245所中學，53,760所小學。教育機關頒佈「考育敕語」，灌輸孝道、忠君愛國等思想（有人認為此舉用意在於強化最高權力集中式的社會體系，為日後的對外擴張鋪路）。此外亦選派留學生到英、美、法、德等先進國家留學。
宗教方面，基於政治理由，政府大力鼓勵神道教，因為其宣揚忠於天皇的思想，對天皇統治國家有一定的幫助。為了進一步區分神道教與佛教（在明治時代之前，兩者非常相似及接近），政府更下達了「神佛分離令」。同時亦容許其他宗教的存在，並於1873年取消基督徒傳教的禁令。